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제목
식물검역 세균 및 파이토플라즈마 41종에 대한 현행 PCR 검사법 점검
작성자
김건실
작성일
2021.06.14
최종수정일
2021.06.14
조회수
413
분류
교외
부처명
농림축산부
공고기관
농림축산검역본부
링크URL
게시글 내용

1. 과 업 명 : 식물검역 세균 및 파이토플라즈마 41종에 대한 현행 PCR 검사법 점검

2. 현황 및 문제점

가.현황

❍ 수입식물의 주요 국경검역대상 검역세균(금지, 관리)은 2020년 현재 39종 및 파이토플라즈마 21종(검역본부 고시 제2020-5호 2020.1.23.)

     지정

❍ 검역세균의 국경검역 주요 정밀검사법은 PCR 검사법이 이용되고 있으며, 검사법에 대한 세부내용은 관련 규정

     (농림축산검역본부 고시 제2019-90호)에 의해 관리되고 있음

나. 문제점

❍ 과학기술이 발달하면서 검역병원체에 대한 새로운 유전자 정보가 보고됨에 따라 기존 정밀검사법의 기술적인 안정성 점검 및 보수 필요성 대두

3. 과업목표

가. 검역병원체(세균 20종, 파이토플라즈마 21종)의 PCR 검사법* 기술 안정성 점검

      *수출입식물의 실험실정밀검역 세부실시 요령(농림축산검역본부 고시 제 2019-90호)

4. 과업기간

가. 계약일 ~ '21. 11.15.

5. 주요과업내용

   기 구축되어 활용중인 검역세균 및 파이토플라즈마 PCR 검사법에 대한 유사균주·기주식물 적용 안정성 점검

    * 수출입식물의 실험실정밀검역 세부실시 요령(농림축산검역본부 고시 제 2019-90호)

가. 세균 20종에 대한 현행 PCR검사법 점검 방법

1) In silico 분석

① NCBI GenBank에서 대상 세균 및 근연종의 염기서열 정보 수집

② 시퀀스분석소프트웨어를 이용하여 염기서열 정보의 alignment

③ 시퀀스 alignment를 통한 현행 PCR검사법 프라이머의 matching 분석

④ 현행 PCR검사법 프라이머의 안정성 정도(대상 세균 염기서열 정보에 대한 mismatch 여부 및 정도 등) 판단

⑤ 프라이머 시퀀스의 BLAST분석을 통해서 비특이산물 생성 가능성 판단

2) 대상 세균종 테스트

① 대상 세균, 감염된 식물 또는 감염식물에서 추출한 핵산 등 준비

② 현행 PCR검사법에 사용되는 프라이머로 검사하여 반응성을 확인

③ 현행 프라이머의 안정성 정도(진단 가능 여부 등)를 판단

* 표준균주(Type strain)를 확보하지 못하는 경우 유전자합성 등을 활용하여 추진

3) 근연 세균종 테스트

① 대상 세균이 속해있는 속(genus) 또는 과(family)에 존재하는 근연 세균, 세균에 감염된 식물 또는 감염식물에서 추출한 핵산 등 준비

② 현행 PCR검사법에 사용되는 프라이머로 검사하여 반응성을 확인

③ 현행 프라이머의 안정성 정도(비특이산물 생성 정도 등)를 판단

4) 검사품목(종자 및 식물체) 테스트

① 대상 세균의 검사대상 품목(종자 및 식물체) 준비

② 현행 PCR검사법에 사용되는 프라이머로 검사하여 반응성을 확인

○ 파이토플라즈마 21종에 대한 현행 PCR검사법 점검 방법

1) In silico 분석

① NCBI GenBank에서 대상 파이토플라즈마의 염기서열 정보 수집

② 시퀀스분석 소프트웨어를 이용하여 염기서열 정보의 alignment

③ 시퀀스 alignment를 통한 현행 PCR검사법 프라이머의 matching 분석

④ 현행 PCR검사법 프라이머의 안정성 정도 판단

⑤ 프라이머 시퀀스의 BLAST분석을 통해서 비특이산물 생성 가능성 판단


끝.

첨부
20210609101-00_1623048655024_공고서_(연구용역)식물검역 세균 및 파이토플라즈마 41종에 대한 현행 PCR 검사법 점검.hwp 1. 제안요청서(세균,파이토플라즈마).hwp