연세대학교 공공문제연구소는 연세대학교 행정학과 故 노정현 명예교수가 주도적으로 설립한 도시문제연구소를 전신으로 한다.
도시문제연구소는 1968년 12월에 설립된 우리나라 최초의 도시문제 연구기관으로, 급속한 근대화 과정에서 발생한 빈민들의 삶의 질을 제고하고 다양한 도시문제를 해결하여 지역사회 발전에 기여하는 것을 목적으로 하였다.
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도시문제연구소는 종교계, 시민사회, 학계 등과의 협력을 통해 문제를 해결해 나가는 한국 최초의 실천적∙협력적 재정자립형 대학연구소로 자리매김하였다.
또한, 보건복지부,교육부, 행정자치부 등의 중앙부처와 서대문구, 청원구청과 같은 지방정부, 언론, 민간단체의 의뢰를 받아 활발한 연구를 수행함으로써 학문적∙사회적으로 크게 기여하였다.
(1968-2011)의 사례”. 현대사회와 행정, 25(1): 57-82.)


| 1968. 12. 01 | 도시문제연구소 설립 |
|---|---|
| 1991. 03. 01 | 지방의회 발전 과정 개최 |
| 1995. 09. 01 | 연세대학교 미국 남가주대학교 공동 석사학위 프로그램 실시 |
| 1999. 03. 01 | 지역사회개발연구소와 도시문제연구소 통합 |
| 2012. 02. 23 | 공공문제연구소로 명칭 변경 |
| 2012. 06. 11 | 지속가능성 연구센터 설치 |
| 2013. 03. 04 | 복지국가 연구센터, 과학기술 혁신정책센터, ODA 연구센터 설치 |
| 2021. 02. 25 | 연구센터 정비 및 신설(사회정책 연구센터, 정부와 기업 연구센터, 공공조달센터) |
| 2022. 02. 25. | 연구센터 신설 (과학기술·혁신정책 연구센터) |
| 2022. 06. 08. | ESG전략 연구센터, 행정학 디지털트랜스포메이션 연구센터 신설 |
| 2025. 02. 15. | 「공공문제연구소 규정」정비 및 개정 |

