하지만 헌재는 KBS의 주장을 받아들이지 않았다. 

먼저, 헌재는 해당 개정안의 목적부터 살폈다. 헌재는 “수신료를 전기요금과 분리해 고지·징수하도록 함으로써 수신료의 징수 여부와 금액을 명확하게 납부할 수 있도록 하고, 잘못 고지된 경우 곧바로 인지해 대처할 수 있도록 하기 위해 도입된 것”이라며 “과오납을 예방할 수 있는 적합하 수단”이라고 봤다. 

이어 “청구인(KBS)의 주장과 같이 수신료 수입이 일정 부분 감소된다고 하더라도, 방송법에 따라 청구인은 수신료 외에도 방송광고수입이나 방송프로그램 판매수익, 정부 보조금 등을 통해 그 재정을 보충할 수 있다”고 했다. 

결론적으로, 헌재는 “개정안이 공영방송의 기능을 위축시킬 만큼 청구인의 재정적 독립에 영향을 끼친다고 볼 수 없다”며 “개정안은 입법재량의 한계를 일탈해 청구인의 방송의 자유를 침해하지 않는다”고 밝혔다.

다만, 김기영·문형배·이미선 재판관 3인은 반대 의견을 남겼다. 

이들 재판관은 “청구인(KBS)이 공영방송사로서의 공적 기능을 제대로 수행하면서 방송의 자유를 제대로 누리기 위해선 재원조달의 문제가 결정적으로 중요한 의미를 지닌다”며 “수신료 순수입 저하는 재정 부족을 일으켜 공영방송으로서 중립성, 독립성, 지속가능성을 직접적으로 위협할 수 있다”고 지적했다. 

이어 “재원 마련방안에 대한 논의가 선행됐어야 하는데, 이러한 논의가 있었다고 볼 만한 사정을 발견할 수 없다”며 “30년간 일관되게 시행된 통합징수제도를 폐지하면서도 아무런 대책 없이 분리징수제를 갑자기 시행해 청구인이 입게 되는 재정적 불이익이 공익보다 훨씬 더 크다고 볼 수 있다”고 밝혔다.