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학부

Education

시스템생물학실험1

수강생들로 하여금 세균을 분리하여 동정하고, 분리된 세균들의 세균들의 생리학적 특성을 조사하는 한편, 여러 환경에 존재하는 metagenome을 찾아 그들의 특성을 조사하개함과 동시에 세균의 분리와 동정, 세균의 배양법과 생리적 특성조사법, metagenome screening 및 클로닝 방법, DNA 염기서열 분석 및 해석법에대한 지식과 기술을 습득할 수 있도록 한다.

 

1주

Introduction

2주

Isolation of bacteria from soil
- Enrichment
- Preperation of pure culture

3주

Morphological, physiological and biochemical chaqracterization of isolated bacteria
- Gram staining
- Substrate range,etc.

4주

Effedct of environmental factors on the growth of isolated bacteria
-Temperature, pH, etc.
-Groth curve

5주

Classification of isolated bacteria
- Genomic DNA isolation
- Isolation and sequencing of 16s rDNA

6주

Metagenome screening
- Extraction of metagenome
- Cloning and sequencing of metagenome

7주

Analysis of sequencing data
-Computer analysis

8주

Mid term examination

9주

Cloning of TNF-a or XIAP into bacterial expression vector (1)

10주

Cloning of TNF-a or XIAP into bacterial expression vector (2)

11주

Transformation of competent bacterial cells

12주

Minipreparation of plasmid DNA

13주

Transformation of competent BL21 cells

14주

Expression of recombinant protein and quantitation of expressed protein

15주

SDS-polyacrylamide gel electrophoresis and protein staining

16주

Final exmination

 

시스템생물학실험2

(First part) Cell biology experimental techniques including apoptosis, Western Blotting, and proteomics techniques (Second part) Focuses on preparation of neurological disease-related models and examination tools including neuronal cell culture, immunocytochemical staining, microscopic examination and cell death-related assays

 

1주

Introduction

2주

Cell culture and TNF-alpha treatment

3주

Measurement of Cell viability (MTT assay)

4주

Subcellular organelle fractionation, protein quantification.

5주

SDS-PAGE and Western blotting ; Identification of proteins in TNF-alpha signaling pathway

6주

2-dimensional electrophoresis ; Identification of proteins in TNF-alpha signaling pathway

7주

MALDI MS and identification of proteins

8주

Neuronal cell culture and related techniques

9주

Cloning of TNF-a or XIAP into bacterial expression vector (1)

10주

Establishment of neuronal cell death model and evaluation of neuronal cell death : emphasis on mitochondrial potential, calcium and reactive oxygen species

11주

Establishment of animal model of neurological diseases including Parkinson`s disease

12주

Surgical procedure of animal model of Parkinson`s disease

13주

Cryosection of animal model

14주

Immunohistochemical staining of animal model

15주

Discussion of the whole procedures

16주

Evaluation

 

시스템생물학실험3

1) 식물의 발달 등에 관련된 유전자들을 식물체에 도입하여 유전자 변형 식물체를 직접 만들어 봄으로서 유전자의 증폭과 클로닝, 식물체 형질전환 등의 다양한 분자생물학 실험의 원리와 기술을 익히고 돌연변이체와 유전자 변형 식물체 들의 유용성에 대해 알아본다. 2) 단백질의 결정구조 규명 실험을 간략하게 직접 체험하고자 한다. 구조를 규명하고 자하는 타겟 단백질을 박테리아 발현 시스템을 사용하여 과발현하고 분리 정제한다. 이 단백질을 농축한 후 crystal screening 과정을 거쳐서 결정조건을 정하고 단백질 결정을 얻는다. 이 단백질 결정으로부터 X-ray diffraction data를 수집하고 MR방법으로 결정 구조를 규명한다.

 

1주

PCR을 이용한 유전자의 증폭

2주

유전자의 클로닝

3주

클로닝된 유전자의 염기서열 확인

4주

유전자의 클로닝

5주

유전자의 클로닝

6주

유전자의 클로닝

7주

클로닝된 유전자를 식물체에 도입

8주

클로닝된 유전자를 식물체에 도입

9주

클로닝된 유전자를 식물체에 도입

10주

X-ray crystallography introduction 및 박테리아를 이용한 단백질의 발현

11주

단백질의 순수분리 및 전기영동

12주

단백질 결정화

13주

단백질 결정의 회절 데이터 수집 및 분석

14주

유전자 도입 식물체의 표현형 분석

15주

유전자 도입 식물체의 표현형 분석

16주

기말고사