본 발명은 (1) 천연고분자 키토산, 용매 및 기공형성제를 통해 다공질의 키토산막을 제조하는 단계; (2) 상기 키토산 막에 실리콘을 코팅하여 기체투과가 가능한 막을 제조하는 단계; (3) 상기 단계(2)를 거친 막에 혐기성 미생물을 고정하여 막모듈을 조립하고 농산폐수 발효기에 장착하는 단계; (4) 발효된 농산폐수에서 막을 통해 수소를 분리하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 수소제조용 미생물 담지 복합막 반응기 및 장치에 관한 것이다. 수소생산, 키토산-실리콘 복합막, 혐기성 미생물, 농산폐수, 발효