본 발명은 메조동공구조 실리콘 산화물/그래핀 복합체 및 이의 제조 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 그라파이트 옥사이드 분말 및 계면 활성제를 용매에 분산시키고, 상기 분산 용액의 pH를 2 이하로 조절한 후, 상기 분산 용액에 실리콘 염을 혼합하여 마이크로파의 인가에 따라 메조동공구조 실리콘 산화물/그래핀 복합체를 합성함으로써, 합성 시간을 단축시킬 수 있고, 그래핀 상에 실리콘 산화물이 매우 고르게 분포되어 코팅될 수 있으며, 상기 실리콘 산화물은 장범위의 규칙성이 있는 3차원 기공(3D-pore) 구조를 가지는 메조동공구조를 가질 수 있다. 이에 따라, 본 발명의 메조동공구조 실리콘 산화물/그래핀 복합체는 정밀 화학 촉매 등에 적용할 수 있고, 또한 메조동공구조 전이금속 산화물/그래핀, 메조동공구조 탄소/그래핀 복합체를 제조하기 위한 주형(template)으로 활용할 수도 있다. 또한, 본 발명의 메조동공구조 실리콘 산화물/그래핀 복합체를 주형으로 하여 제조된 메조동공구조 전이금속 산화물/그래핀 복합체 또한 장범위 규칙성이 있는 3차원 기공 구조를 가지고 있어, 물질 이동성 및 표면적이 극대화되므로, 2차 전지, 연료 전지 또는 슈퍼 캐퍼시터 등과 같은 에너지 저장 소재에 적용할 수 있다.