본 발명은 부유미생물 측정장치 및 그 측정방법에 관한 것이다. 본 발명의 실시예에 따른 부유미생물 측정장치에는, 부유미생물이 유동하는 유동 공간부를 가지는 본체부 및 상기 유동 공간부에 분리 가능하게 결합되는 포집봉이 포함되는 입자 분류장치; 상기 포집봉이 결합 가능하게 제공되며, 상기 부유미생물에 반응하는 용해제 및 발광물질이 저장되는 시약 통; 및 상기 부유미생물이 상기 용해제 및 발광물질에 반응한 후 발생되는 빛의 세기를 측정하기 위한 발광 측정장치가 포함된다.