인체 내부 기관의 온도 조절을 위한 초음파 자극 장치 및 방법이 개시된다. 초음파 자극 장치는 타겟 기관의 조사에 적합한 초음파의 주파수 및 초음파에 의해 형성될 초점의 깊이를 포함하는 초음파 조사 정보에 상응하여 전기 신호를 발생시키는 본체부 및 본체부에서 발생시킨 전기 신호를 초음파 신호로 변환하고, 초음파 신호를 타겟 기관에 조사하여 타겟 기관의 온도 상승을 유도함으로써 타겟 기관에 상존하는 정상균군의 균형을 조절하거나 정상균군의 활동 및 성장을 활성화시키는 초음파 출력부를 포함한다. 따라서, 인체의 기능을 향상시키거나 인체 내부 기관에 발생한 질병을 치료할 수 있다.