유사매듭구조 탐색 장치 및 방법이 개시된다. 개시된 장치는, 주어진 서열로부터 전위부(u)와 상보적으로 결합되는 매칭 전위부의 길이가 후위부(x)와 상보적으로 결합되는 매칭 후위부의 길이보다 짧다고 가정한 상태에서 상기 서열의 위치 i에서 상보적 결합 조건 및 길이 조건을 만족하는 가장 긴 u의 길이인 c[i]와 상보적 결합 조건은 만족하나 길이 조건을 만족하지 못하는 가장 짧은 u의 길이인 c’[i]를 출력하는 매칭 전위부 탐색부; 주어진 서열로부터 후위부(x)와 상보적으로 결합되는 매칭 후위부의 길이가 전위부(u)와 상보적으로 결합되는 매칭 전위부의 길이보다 짧다고 가정한 상태에서 상기 서열의 위치 i에서 상보적 결합 조건 및 길이 조건을 만족하는 가장 긴 x의 길이인 d[i]와 상보적 결합 조건은 만족하나 길이 조건을 만족하지 못하는 가장 짧은 x의 길이인 d’[i]를 출력하는 매칭 후위부 탐색부; 및 상기 c[i]. c’[i], d[i] 및 d’[i]를 이용하여 상기 전위부 및 후위부의 길이를 결정하는 유사매듭구조 결정부를 포함한다. 개시된 장치 및 방법에 의하면, 간소화된 연산으로 유사매듭구조를 탐색할 수 있는 장점이 있다.