본 발명은 차세대 염기서열 분석법의 정확도를 분석하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 서로 상이한 2종 이상의 박테리아로부터 추출된 게놈 DNA(genomic DNA)를 포함하는 게놈 DNA 인공 유전체를 준비하는 단계; 및 상기 게놈 DNA 인공 유전체에 대하여 차세대 염기서열 분석을 수행하는 단계;를 포함하며,상기 차세대 염기서열 분석 시 게놈 DNA 인공 유전체 내 목표 박테리아의 시료의 양(㎕), 게놈 사이즈(bp), 16S rRNA 유전자 복제 수(개수) 및 상기 16S rRNA 유전자 내 V3V4 영역의 GC 함량(%)을 측정할 수 있다.