본 발명은 반응조 내부에 다이나믹 생물막을 포함하는 바이오수소 제조장치 및 이를 이용한 바이오수소 제조방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 별도의 막 소재의 구비없이 다공성 지지체에 형성된 다이나믹 생물막이 자체적으로 막 소재의 역할을 수행하도록 하여 경제적으로 처리수와 고형분의 고액분리가 가능하고, 종래 바이오수소 제조를 위한 반응조와 같이 별도의 부재를 두어 다이나믹 생물막을 설치할 필요없이 반응조 내부에 구비되어 설치 및 관리 비용을 줄임과 동시에 수소 생산 효율이 우수한 바이오수소 제조장치 및 이를 이용한 바이오수소 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 반응조 내부에 다이나믹 생물막을 포함하는 바이오수소 제조장는 수소 생성균을 포함하는 유기 폐수와 미생물 군집체 형성물을 혼합하여 유기 폐수 혼합물을 형성하는 반응조;와 상기 반응조 내부에 배치되며, 상기 유기 폐수 혼합물의 여과에 의해 다공성 지지체 표면에 다이나믹 생물막이 형성되어 상기 유기 폐수 혼합물을 여과처리하는 다이나믹 멤브레인 모듈;과 상기 다이나믹 멤브레인 모듈을 통과한 처리수에서 휘발성 가스 및 수소 가스를 분리하고, 상기 휘발성 가스 및 수소 가스가 분리된 처리수를 배출하는 분리부;와 상기 반응조와 상기 분리부로부터 이송받은 휘발성 가스 및 수소 가스를 저장하기 위한 가스 저장부;와 상기 분리부에서 배출된 휘발성 가스 및 수소 가스가 분리된 처리수를 저장하는 처리수 저장부;를 포함한다.