본 발명은 (a) 서열번호 1의 아미노산 서열로 이루어진 폴리글루타메이트 서열을 TAT-Cre를 코딩하는 유전자에 삽입하여 폴리글루타메이트-TAT-Cre 유전자를 얻는 단계; (b) 단계(a)에서 얻어진 폴리글루타메이트-TAT-Cre 유전자를 발현시켜 폴리글루타메이트-TAT-Cre 재조합 단백질을 얻는 단계; 및 (c) 단계(b)에서 얻어진 폴리글루타메이트-TAT-Cre 재조합 단백질을 정제하는 단계를 포함하는 폴리글루타메이트-TAT-Cre 융합 단백질의 제조방법, 폴리글루타메이트-TAT-Cre 재조합 단백질을 TEV 프로테아제와 반응시켜 생성물을 얻는 단계; 및 얻어진 생성물을 정제하여 TAT-Cre 단백질을 얻는 단계를 포함하는 TAT-Cre 단백질의 제조방법을 제공한다. 본 발명의 폴리글루타메이트-TAT-Cre 융합 단백질의 제조방법은 치료 및 연구에 사용되는 유효 단백질의 제조방법으로서 의학 및 약학 분야에서 유용하게 사용될 수 있다.