본 발명은 수환경 내 미생물의 군집 내 특정 미생물의 활성 향상 또는 저하를 통제함으로써 미생물 군집을 제어하는 장치 및 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따르면, 비접촉식 방법(가청 주파수)을 이용하여 수환경내 미생물, 특히 질산화 미생물의 활성을 높이거나 낮추어 수환경 내 미생물 군집의 조성을 조작할 수 있다. 또한, 소리를 이용하여 미생물 내의 유전자 발현을 제어할 수 있고, 다양한 미생물이 공존하고 있는 수중에서 소리를 통해 특정 미생물의 조성을 제어함으로써 미생물에 정보를 전달할 수 있다.