본 발명은 각각 서로 다른 파장의 주기성을 갖는 나노 주름 패턴이 형성되어야 하는 다수의 도메인 영역이 지정된 유연 소재에 이온 빔을 조사하여 나노 주름 패턴을 형성하는 이온 빔 조사부, 다수의 도메인 영역 각각에 대응하는 패턴으로 형성되어 이온 빔을 차단하는 다수의 도메인 마스크를 포함하는 마스크 조절부 및 다수의 도메인 영역 각각에 형성되어야 하는 나노 주름 패턴의 파장에 따라 이온 빔의 세기 및 조사 시간을 설정하고, 다수의 도메인 영역에 순차적으로 나노 패턴이 형성되도록 마스크 조절부를 제어하여 대응하는 도메인 마스크를 순차적으로 선택하여 이온 빔이 조사되는 방향에 배치하며, 이온 빔이 도메인 영역에 대응하여 설정된 세기 및 조사 시간에 따라 유연 소재에 조사되도록 이온 빔 조사부를 제어하는 제어부를 포함하는 멀티 도메인 나노 패턴 형성 장치 및 방법을 제공할 수 있다.