본 발명은 장관 오가노이드의 제조 방법에 관한 것으로, 골 형성 단백질(Bone morphogenetic protein, BMP) 및 헤지호그(Hedgehog, HH) 중 적어도 하나의 존재 하에서 장 신경계(enteric nervous system; ENS) 세포를 계대 배양하여, 상기 장 신경계의 성숙을 유도하는 단계를 포함한다. 본 발명에서 제조된 장관 오가노이드는 성체(adult)가 가지는 체내 실제 장관과 영양분 및 약물 흡수 기능, 점액 분비, 호르몬 분비 등 실제 기능성이 매우 유사하여, 조직 치료제나 장 관련 질환의 치료를 위한 약물 스크리닝의 용도 등의 다양한 용도에 적용이 가능하다.