본 발명은 오가노이드의 장기간 냉동 동결을 가능하게 하는 동결 보존용 조성물과 이를 이용한 오가노이드의 동결 보존 방법에 관한 것이다. 본 발명의 동결 보존용 조성물을 이용하는 경우 오가노이드를 장기간 동결 보존 후 해동 시 세포 생존율을 높게 유지할 수 있고, 오가노이드의 형태학적 또는 생물학적 특성이 그대로 유지될 수 있다. 따라서, 본 발명에 적용된 고효율 냉동동결보존법은 오가로이드 기반 치료(organoid-based therapy)에 필수적인 많은 양의 세포를 제공함으로써 효과적인 장 질병과 손상 치료에 적용에 활용될 수 있을 것으로 사료된다.