본 발명은, 구강 CT 영상에 포함되는 제1 치아 영역에 대한 CT 뎁스맵을 생성하는 단계와, 구강 스캔 영상에 포함되는 제2 치아 영역에 대한 스캔 뎁스맵을 생성하는 단계와, CT 뎁스맵 및 스캔 뎁스맵 중 적어도 어느 하나를 회전 및 이동하면서 CT 뎁스맵 및 스캔 뎁스맵을 정합하는 단계와, 정합된 CT 뎁스맵 및 스캔 뎁스맵에 각각 포함된 복수의 픽셀의 밝기값 오차를 산출하는 단계와, 밝기값 오차의 합이 최소가 되는 CT 뎁스맵 및 스캔 뎁스맵의 위치를 최종 정합 위치로 결정하는 단계와, 최종 정합 위치를 이용해 구강 CT 영상 및 구강 스캔 영상을 정합하는 단계를 포함하는 구강 CT 영상 및 구강 스캔 영상의 정합 방법을 제공한다.