달팽이관에서의 미세 혈류 측정 방법 및 그 장치가 개시된다. 본 발명의 미세 혈류 측정 방법은 혈류 흐름을 추출하는 단계와, 이동 평균 필터 (Moving average filter), 가장자리 강조 필터(edge enhancement filter), 가우시안 필터(gaussian filter) 중 어느 하나 이상을 사용하여 전처리 과정을 통해 혈관 영역을 추출하는 단계, 상기 프레임 영상의 변화율을 통해 뼈 영역 및 배경 잡음 영역을 추출하는 단계, 영상 픽셀별 속도를 추출하는 단계 및 미세순환의 동역학 분석 및 시각화하는 단계로 이루어지게 함으로써, 달팽이관 주위의 미세 혈관의 혈류속도를 측정할 수 있는 진단도구의 개발뿐만 아니라, 약에 따른 미세 혈류의 변화를 측정할 수 있어 신약 개발 연구에 중요한 약물학적 도구로 사용될 수 있다.