본 발명은 3차원에서 자동으로 정확하게 3차원 두부계측을 할 수 있도록 한 영상처리와 CNN을 이용한 자동 3차원 세팔로메트리 장치 및 방법에 관한 것으로, 3D 해부학 구조별 분할(segmentation) 및 경추골(cervical vertebra) 삭제를 수행하는 3D 해부학 구조별 영상 처리부;영상 처리를 위하여 교합평면 회전(rotation)으로 치열이 바닥에 평행하도록 하는 교합평면 회전처리부;상하악의 기준 평면을 나누어 이를 기준으로 교정점들을 새롭게 정의하고, 기준점을 이용해 악골의 기준 plane(Midsaggital plane-MSP)을 설정하고, MSP가　정위치에 놓이도록 상악을　회전하는 상악 처리부;변형 컴퓨터 절대 하악 평면(cmAMP)을 이용해 기준 평면을 설정하고, 변형 컴퓨터 절대 하악 평면(cmAMP)이 정위치에 놓이도록 하악을　회전하는 하악 처리부;윤곽선을 재조정하여 정확한 점의 좌표를 계산해 주는 방식으로 수정을 하는 보정 처리부; 및 수정된 3D 좌표들을 기준으로 CNN 네트워크 학습을 하여 좌표 업데이트를 하는 좌표 업데이트부;를 포함하는 것이다.