본 발명은 세포의 DNA에 시간의 흐름을 기록하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 본 발명은 표적 유전자 교정 시스템을 이용하여 세포 내에서 소정의 시점으로부터 경과 시간을 측정하는 방법 및 세포 내 시간 측정용 시스템에 관한 것이다. 본 발명의 방법은 인 비보(in vivo) 내에서 정해진 시점으로부터 임의의 시점으로 경과된 시간을 정확하게 측정할 수 있도록 하는 새로운 합성 생물학적 시계이다. 본 발명의 시스템을 통해 인 비트로(in vitro) 또는 인 비보(in vivo) 동물 세포, 및 살아 있는 동물의 DNA에 수 시간(hours)에서 수 주(weeks)에 이르는 시간 정보를 정확하게 기록할 수 있으며, DNA 서열 분석을 통해 모르는 시점에 기록시점부터 경과된 시간을 측정할 수 있다. 또한, 본 발명의 합성 DNA 시계를 이용하면 배양 세포의 화학물질에 대한 노출 시간 및 살아 있는 동물에서 시간 기록을 시작한 이후 남은 수명을 정확하게 기록하고 측정할 수 있다. 또한, 본 발명의 합성 DNA 시계를 이용하여 세포 내 다양한 신호 전달에 관련된 시간적 정보를 세포 내 DNA에 기록하고 해독할 수 있다.