본 명세서에는 아미노산을 기질로 하여 아미노산 디카복실레이스, 개방형 반응기 및 양이온교환수지를 사용한 바이오제닉 아민의 생물학적 생산 방법이 개시된다. 발효에 의해 생산된 아미노산을 기질로 사용할 경우 본 발명에 의해 생산된 바이오제닉 아민은 화학적으로 합성된 화합물과 달리 천연유래 화합물로 취급될 수 있다. 또한, 본 발명의 생산방법은 효소 반응 생성물을 기화 및 이온교환수지 흡착을 통해 반응과 동시에 제거함으로서 아미노산 디카복실레이스의 강한 생성물 억제를 완화하여 바이오제닉 아민을 높은 생산 효율로 생산할 수 있다는 이점이 있다. 또 다른 측면에서 본 발명은 효소 반응과 동시에 바이오제닉 아민을 반응액으로부터 분리함으로서 손쉬운 생산물 회수를 가능케 한다.