본 발명에 따르면, 프로세서가, 피검자의 CT 영상 촬영 후 상기 피검자 체내의 특징 영역을 포함하는 단면 영상을 획득하는 단계, 상기 단면 영상을 기반으로 기 마련된 상기 피검자의 단층 촬영 이미지에 상기 특징 영역을 마킹하여 컨투어 이미지를 생성하는 단계, 상기 컨투어 이미지를 전신 모의체 이미지에 매칭하여 상기 피검자의 전신 맵핑 이미지를 생성하는 단계 및 상기 전신 맵핑 이미지의 볼륨 렌더링을 수행하여, 상기 피검자 체내의 특징 영역에 따른 3D 모델링 영상을 생성하는 단계를 포함하여 피검자의 영상을 전신 인체 이미지에 정합하는 전신 CT 스캔 3D 모델링 방법 및 시스템이 개시된다.