본원은 NGS (Next Generation Sequencing) 분석을 이용한 cfDNA (cell free DNA)의 저빈도 변이 검출에 있어서, 상기 NGS 분석에 사용되는 고유 단편의 비율을 향상시키는 방법을 개시한다. 본원에 따른 방법은 우연히 서열이 동일한 사건 의 비가 일정 이하가 되도록 시료를 2개 이상의 알리쿼트로 분할하여 알리쿼트 당 DNA 농도를 낮춰서 NGS 라이브러리를 만들고, 각 알리쿼트에서 생성된 NGS 데이터는 분석 단계에서 합쳐서 분석함으로써 대부분의 고유한 DNA 단편을 구분할 수 있어 일반적인 NGS 보다 예를 들면 cfDNA에 매우 적은 양으로 존재하는 ctDNA의 저빈도 유전자 변이의 검출이 가능하다.