본 발명은 투명성 및 유연성이 우수한 폴리이미드 필름의 제조방법에 관한 것으로, 다이안하이드라이드와 다이아민을 증류수에서 반응시키는 폴리이미드 합성 단계, 제조된 폴리이미드를 여과하고 건조하여 폴리이미드 분말을 제조하는 폴리이미드 분말 제조 단계, 폴리이미드를 유기용매에 용해시키는 폴리이미드 용해 단계, 상기 폴리이미드 용액에 다이이소시아네이트 화합물을 투입하여 반응시키는 단계, 반응용액을 필름 캐스팅하는 단계 및 용매를 증발시켜 폴리이미드 필름을 제조하는 단계로 이루어진다. 상기의 과정으로 이루어지는 폴리이미드 필름의 제조방법은 다이이소시아네이트 화합물을 폴리이미드의 말단기와 반응시켜 분자량을 높임으로써 폴리이미드 필름의 기계적 강도를 향상시키고, 결과적으로 말단기의 수를 감소시켜 고온에서의 열분해와 변색을 감소시킴으로써 고온에서 무색 투명성을 유지할 수 있는 투명성 및 유연성이 우수한 폴리이미드 필름을 제공한다.