본 발명은 마이크로 니들 제조기판체의 분리 및 분류와 적재를 자동화 할 수 있는 마이크로 니들 제조기판 배출장비 및 이의 제어방법에 관한 것으로서, 본 발명의 일 형태에 따르면, 설치면에 놓여지는 베이스, 상기 베이스 상에 설치되며, 제1기판과 제2기판이 합착된 상태의 마이크로 니들 제조 기판체를 반입하는 합착기판 반입부, 상기 합착기판 반입부의 마이크로 니들 제조 기판체를 이송받아 제1기판과 제2기판을 분리하는 합착기판 분리부, 상기 합착기판 분리부에서 분리된 제1기판 및 제2기판을 각각 제1트레이 및 제2트레이에 분류하여 안착시키는 기판 분류부 및 제1기판과 제2기판이 분류되어 안착된 제1트레이 및 제2트레이를 적제하는 트레이 적제부를 포함하는 마이크로 니들 제조기판 배출 장비가 제공된다.