본 발명은 클라우드 기반 임상 데이터 관리 방법 및 시스템을 개시한다. 일 실시예에 따른 클라우드 기반 임상 데이터 관리 방법은 임상시험 수행기관 시스템으로부터 수신된 대상자 정보 중 대상자의 개인 식별 정보에 기초하여, 중계 서버에 의해 IF 키를 생성하는 단계, 중계 서버에 의해 IF 키에 대응하는 MPI 키를 클라우드 서버에 요청하는 단계 - MPI 키는 대상자의 개인 식별 정보에 기초하여 생성되는 것이 아니며, 중복없는 임의의 값임 -, 클라우드 서버에 의해 IF 키와 대응하는 MPI 키를 검색하고, 검색 결과에 기초하여 중계 서버로 반환될 MPI 키를 결정하는 단계, 클라우드 서버에 의해 결정된 MPI 키를 중계 서버로 반환하는 단계 및 중계 서버에 의해 대상자 정보와 반환된 MPI 키 사이의 매핑 테이블을 업데이트하는 단계를 포함한다.