본 발명에 따른 관절 치료장치를 이용한 관절 치료장치의 제어방법 및 처방 시스템은, 신체의 제1 부위와 신체의 제2 부위 사이의 환부인 관절부위를 치료하기 위한 관절 치료장치로서, 환자가 위치되는 공간을 제공하는 위치유닛, 상기 환부를 기준으로 상기 제 1부위를 기 설정된 범위만큼 회전운동시키는 운동유닛 및 상기 운동유닛을 통해 상기 제1 부위가 회전운동되면서 상기 환부의 위치가 가변됨에 따라 상기 기 설정된 범위가 변동되는 것을 방지하기 위해 상기 환부의 위치를 지속적으로 판단하여 상기 기 설정됨 범위를 유지시키는 판단유닛을 포함하는 관절 치료장치를 이용한 관절 치료장치의 제어방법 및 처방 시스템을 제공한다.