본 발명은 해수담수화 농축수로부터 금속탄산염의 제조방법에 관한 것으로, 칼슘 이온 및 마그네슘 이온을 포함하는 해수 담수화 농축수로부터 수산화칼슘 및 수산화마그네슘을 침전시켜 금속 이온을 분리하는 단계; 금속 이온 분리된 농축수를 클로로-알칼리 전기분해하여 수산화나트륨을 생성하는 단계; 및 상기 금속 이온 분리로 생성된 수산화칼슘 및 수산화마그네슘을 이산화탄소와 반응시켜 탄산칼슘 및 탄산마그네슘을 형성하는 탄산화 단계;를 포함한다. 본 발명에 따른 제조방법은 해수담수화 농축수 및 이산화탄소를 활용하여 친환경적으로 금속탄산염을 제조할 수 있고, 공정 안정성, 수율, 및 경제성 측면에서 우수하다.