본 발명은 프로테옴 분석법을 이용하여 다양한 단백질들을 포함하는 프로테옴(proteome)으로부터 특정 프로테아제에 대한 다수의 기질들을 발굴할 수 있는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 프로테옴에 프로테아제를 처리하고; 상기 처리된 프로테옴 및 대조로서 비처리된 프로테옴을 각각 2차원 전기 영동하여; 처리된 프로테옴 및 비처리된 프로테옴에 대한 2차원 전기영동 결과를 비교하여 상기 프로테아제에 대한 기질을 확인하고; 확인된 기질을 분리, 동정하는 단계를 포함한다. 이러한 단계를 포함하는 본 발명을 통하여 다양한 단백질을 포함하는 프로테옴에서 특정 프로테아제에 대한 다수의 기질을 신속하고 효율적으로 확인 또는 발굴할 수 있다. 프로테옴, 프로테아제, 전기영동, 기질