본 발명의 일 실시예에서 제안하는 단분자 스케일 및 단일 나노구조의 자기조립을 제어하여 위치를 지정하거나 기능을 부여하는 리소그래피 방법은, 펜을 이용하여 타겟 기판에 잉크 소재를 전달하여 위치를 지정하거나 지정된 위치에서의 자기조립을 유도하는 방법으로서, 상기 펜은 말단의 폭이 수십 nm 이하인 폴리머 펜을 포함하고, 상기 잉크는, 고분자 체인으로 이루어진 오리가미 구조 및 DNA로 이루어진 오리가미 구조 중 하나 이상으로 이루어진 원자 위치 지정 코어(AAC); 및 기판 상에서 물리적, 화학적, 광학적 또는 생물학적 기능 중 하나 이상의 특징을 가지거나 자가조립(self-assemble)되는 특징을 가지는 분자-나노 조립 블록(MAB);으로 이루어진 군에서 하나 이상의 물질을 포함하는 것이다.